南京总统府与南京动物园之间的距离大约为3.5公里。从南京总统府出发，可以选择步行、乘坐公交车或地铁等方式前往南京动物园。步行大约需要45分钟至1小时，如果选择乘坐公交车，可以选择乘坐20路、21路等公交线路，在玄武湖站下车即可到达。此外，乘坐地铁也是快速到达南京动物园的便捷方式，可以乘坐地铁2号线，在玄武门站下车后步行约5分钟即可抵达。

南京总统府作为中国近代史上的重要遗址之一，承载着丰富的历史记忆。而南京动物园则是一个集科普教育、休闲娱乐于一体的大型城市公园。两个景点之间的距离适中，非常适合在游览完一个景点后前往另一个景点继续探索。

从南京总统府到南京动物园之间，还有许多其他景点和地标建筑分布其间，如玄武湖公园、明孝陵等，这些地方都值得游客们在游览过程中一探究竟。