灵活就业人员缴纳社保和企业职工在多个方面存在显著差异，这些差异主要体现在缴费基数、缴纳比例、权益享受等方面。

首先，从缴费基数来看，灵活就业人员的社保缴费基数通常是按照当地上一年度全口径城镇单位就业人员平均工资的60%到300%之间自主选择，而企业职工的社保缴费基数则根据个人工资水平确定，通常在当地的最低工资标准到平均工资的300%之间。

其次，在缴纳比例上，灵活就业人员和企业职工存在较大区别。对于基本养老保险，灵活就业人员的缴费比例为20%，其中12%计入个人账户；而企业职工则由单位和个人共同承担，单位承担的比例一般为16%，个人承担8%。医疗保险方面，灵活就业人员与企业职工的单位和个人承担比例也有所不同。

最后，在权益享受方面，灵活就业人员和企业职工享受的社会保障待遇存在差异。企业职工通常享有更为全面的社会保障待遇，包括但不限于失业保险、工伤保险等；而灵活就业人员虽然也可以参加相应的社会保险项目，但其待遇水平可能相对较低。

综上所述，灵活就业人员缴纳社保与企业职工存在显著差异，在选择灵活就业时需充分了解相关政策规定，并根据自身实际情况做出合理规划。