安徽农村合作医疗在南京的报销情况主要取决于具体的政策规定和医疗费用。一般来说，安徽省的农村合作医疗报销政策会根据患者就诊的医院级别、治疗项目以及是否在定点医疗机构进行治疗等因素来确定报销比例和额度。

首先，安徽省农村合作医疗对于在南京定点医疗机构就医的报销比例和起付线有一定的规定。通常情况下，对于三级医院，起付线可能较高，报销比例相对较低；而对于二级或一级医院，起付线较低，报销比例相对较高。具体的起付线和报销比例需要参照安徽省农村合作医疗的具体政策文件。

其次，不同类型的医疗服务项目在报销时可能会有不同的规定。例如，药品费用、检查费用、治疗费用等可能有不同的报销标准。患者在就诊前最好咨询当地的合作医疗管理部门或直接联系南京的相关医疗机构了解详细信息。

此外，安徽省农村合作医疗通常设有年度最高支付限额。超出这个限额的部分将不再进行报销。因此，在考虑报销金额时还需要注意这一点。

值得注意的是，由于政策可能会有所调整，建议患者及其家属及时关注安徽省及南京市的相关政策变化，并通过官方渠道获取最新的信息。同时，在就医前详细了解并准备相关材料（如身份证、合作医疗卡、诊断证明等），以便顺利完成报销流程。

总之，安徽农村合作医疗在南京的报销金额受到多种因素的影响，包括但不限于就诊医院等级、治疗项目类型以及年度支付限额等。为了获得准确的信息，请咨询当地的合作医疗管理部门或直接联系医疗机构获取最详细的规定和指导。