南通请一天病假工资的扣除问题，一直是企业和员工关注的焦点。根据《江苏省工资支付条例》等相关法规，病假期间的工资支付标准和扣除方式需遵循一定的规定。

首先，对于职工因病或非因工负伤需要停止工作进行治疗时，企业应按照规定支付病假工资。病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。这意味着，在南通地区，请一天病假期间，即使扣除后，员工的实际收入也应不低于最低工资标准的80%。

其次，关于具体扣除方式，《江苏省工资支付条例》明确规定，企业在计算病假期间工资时，应当扣除职工在病假期间内所享受的社会保险待遇。具体来说，包括基本医疗保险、工伤保险等社会保险待遇中与个人相关的部分。因此，在计算实际应发工资时，企业可以先计算出这些社会保险待遇的个人部分，并从最低工资标准的80%中扣除这部分金额。

需要注意的是，在实际操作中，企业应当依据当地劳动保障部门的具体规定执行。此外，如果企业在劳动合同中对病假期间的工资支付有特别约定，则应当按照合同约定执行。但无论如何，任何约定都不得违反国家和地方的相关法律法规。

综上所述，在南通地区，请一天病假期间的工资扣除主要涉及社会保险待遇和个人应享有的最低保障标准之间的关系。企业在处理此类问题时，应当严格遵守相关法律法规，并确保员工的基本权益得到保障。