东莞到灵山的客车运行时间受多种因素影响，包括路况、天气以及客车的发车时间。通常情况下，从东莞出发前往灵山的客车会在凌晨一点左右开始运营。具体到几点发车，需要根据各客运公司的实际安排来确定。建议乘客提前通过官方网站或电话咨询具体的发车时间和班次信息，以便合理安排行程。

此外，由于灵山位于广西壮族自治区，而东莞位于广东省东部，两地相距较远，客车行程较长。因此，在选择乘坐客车前往灵山时，乘客应做好长时间旅行的心理准备，并确保携带足够的个人物品和食品。

需要注意的是，由于交通政策和路况的变化，上述信息可能会有所调整。因此，在出行前务必再次确认最新的发车时间和班次信息。